13.4. ``make world'' をおこなうと既存のバイナリを上書きしてしまうのですが.

ええ, それが一般的な考え方です. 名前が示しているように ``make world'' はすべてのシステムのバイナリを一から作り直しますので, 結果としてクリーンで一貫性のある環境を得ることができます (これがそれだけ長い時間がかかる理由です).

環境変数 DESTDIR を ``make world'' や ``make install'' を実行する時に定義しておくと, 新しく作られたバイナリは ${DESTDIR}を root とみなした ディレクトリツリーにインストールされます. あるでたらめな共有ライブラリの変更やプログラムの再構築によって ``make world'' は失敗することもあります.