Puedes reinstalar el boot manager que viene con FreeBSD de dos maneras:
bootinst.exe boot.bin
Y el boot manager estará reinstalado.
Arranca con el disco de instalación de FreeBSD y entra en la sección "Custom Installation". Selecciona "Partition". Escoge el disco en el cual debe estar instalado el boot manager, y cuando entres en él editor de particiones, sin hacer ningún cambio, selecciona (W)rite. Serás preguntado para confirmar la acción, responde "sí", y cuando estés en la ventana de "Boot manager selection" asegúrate de seleccionar "Boot Manager". Esto reescribirá el boot manager en el disco. Ahora, sal del programa de instalación y rearranca el ordenador de la manera habitual.